סמנכ"ל נוסעים, משה אמסלם
יליד 1960, בעל תואר ראשון במדעי החברה, הנדסאי תעשיה וניהול ומוסמך כמדריך לנהגי רכבות.
החל את עבודתו ברכבת בשנת 1983. כיהן בשורה של תפקידים מגוונים ברכבת ובין השאר, מנהל מוסך תפעולי, מנהל מחלקת מכונאות, ממונה תפעול ארצי, מנהל אגף תפעול, מנהל אגף התנועה. 
בתפקידו הנוכחי משמש כסמנכ"ל נוסעים ומכוח תפקידו מנהל את חטיבת הנוסעים המספקת שירותי תחבורה ושירותים נלווים לנוסע, תוך חתירה לרמת שירות גבוהה, בטיחות והגדלת הרווחיות של הרכבת.

מזכיר החברה, שריאל גון
יליד 1974, בעל תואר ראשון במינהל עסקים – התמחות במערכות מידע ותואר שני בלימודי משפט, אוניברסיטת בר-אילן.
החל את עבודתו ברכבת בחודש ינואר 2009 כעוזר יושב ראש החברה ומונה לתפקיד מזכיר החברה בפועל בחודש יוני 2009.
בתפקידיו הקודמים שימש כעוזר למנהל מינהל מקרקעי ישראל, יועץ למזכיר הממשלה ויועץ לראש הממשלה.

דוברת, לירן גורדון לוי
ילידת 1974, בוגרת תואר ראשון בהיסטוריה כללית.
החלה את עבודתה ברכבת במרץ 2008 כדוברת החברה. בתפקידיה הקודמים שימשה כעוזרת דובר בעיריית תל-אביב, עוזרת פרלמנטרית, יועצת תקשורת של שר התשתיות ודוברת משרד התשתיות, דוברת החברה להגנת הטבע.

סמנכ"ל בטיחות, בטחון, איכות וסביבה, עמוס גלרט 
יליד 1963, מהנדס כימיה בוגר הטכניון. החל את עבודתו ברכבת בשנת 2006.
בתפקידו הנוכחי משמש כסמנכ"ל בטיחות, בטחון ואיכות סביבה ברכבת. החטיבה שבניהולו מאגדת את אגפי הבטיחות (פקוח והנדסה), אגף הבטחון, מנהל האיכות של החברה, תחומי איכות סביבה, תחקירי תאונות, דרכים והסדרי תנועה.

מבקר פנים, שמואל זומר 
יליד 1951, בעל תואר ראשון בכלכלה ותואר שני במנהל עסקים (התמחות בחשבונאות).
החל את עבודתו ברכבת בשנת 2003 ומאז משמש כמבקר הפנימי של החברה, מאז הקמתה. בתפקידיו הקודמים שימש כמבקר פנימי של חברת עמידר, ושימש בתפקידים מגוונים במשרד מבקר המדינה, לרבות מנהל אגף בקורת לחברות ממשלתיות.

יועץ משפטי, ירון זפט
יליד 1967, בעל תואר ראשון במשפטים, בוגר האוניברסיטה העברית. מוסמך כעורך דין.
החל את עבודתו ברכבת בינואר 2009 כיועץ משפטי. 
בתפקידו הקודם שימש כעורך דין במגזר הפרטי.

מנהלת אגף שירות לקוחות, הדס נוי-המאירי
ילידת 1973, בעלת תואר שני במנהל עסקים, האוניברסיטה העברית.
החלה את עבודתה ברכבת במאי 2008 כמנהלת אגף השירות. בתפקידיה הקודמים שימשה כמנהלת יחידת פיתוח והטמעת השירות בבנק הפועלים,  מנהלת פרויקטים במרכז לניהול אסטרטגי בבנק הפועלים ויועצת ארגונית בחברת TACK.

סמנכ"ל צי נייד, סאמי כהן
יליד 1963, הנדסאי אלקטרוניקה.
החל את עבודתו ברכבת בשנת 1989. כיהן בשורה של תפקידים מגוונים ברכבת ובין השאר, מנהל ענף חשמל ואלקטרוניקה במכון הדיזלים, מנהל מכון הדיזלים, ממונה ארצי בתחזוקה, מנהל אגף אחזקת נייד.
בתפקידו הנוכחי משמש כסמנכ"ל צי הנייד של הרכבת ומכוח תפקידו אחראי על אחזקת צי הנייד, ניהול תחום פיתוח מתחמי רכבת, רכש ציוד רכבתי חדש וניהול משק הדלק ברכבת .

סמנכ"ל תשתיות, יריב כ"ץ 
יליד 1969, מהנדס אזרחי בוגר הטכניון. החל את עבודתו ברכבת ישראל בחודש מרץ 2008 ומאז משמש כסמנכ"ל תשתיות. שימש במספר תפקידים בעירית תל אביב, לרבות מנהל פרויקטים משולבים ומנהל אגף דרכים ומאור בעיריה.
בתפקידו הנוכחי כסמנכ"ל תשתיות ברכבת אחראי על תכנון מוקדם ומפורט, ביצוע ותחזוקה של תשתיות הרכבת הכוללות: גשרים, תחנות, מערכת המסילה, מערכות החשמל והתקשורת.

סמנכ"ל מטענים, יוסף כרמלי 
יליד 1961, החל את עבודתו ברכבת בשנת 1986. כיהן בשורה של תפקידים מגוונים ברכבת ובין השאר, מנהל אגף משאבי אנוש, סמנכ"ל נוסעים ומנהל חטיבת מטענים.
בתפקידו הנוכחי משמש כסמנכ"ל מטענים ברכבת ואחראי על כלל הפעילות המסחרית והתפעולית של חטיבת המטענים.

סמנכ"ל משאבי אנוש ולוגיסטיקה, בנימין סאסי 
יליד 1962, בעל תואר ראשון בכלכלה ומדעי המדינה, בוגר אוניברסיטת בר אילן.
החל את עבודתו ברכבת בחודש ינואר 2008 ומאז משמש כסמנכ"ל משאבי אנוש לוגיסטיקה.
בתפקידו הקודם שימש כמנכ"ל חברת בניה. שירת שנים רבות בצה"ל ופרש בדרגת סא"ל.

מנהל מידע ראשי, יהושע פורמן
יליד 1957, סיים תואר ראשון בהנדסת מכונות ומאוחר יותר השלים הסבה למערכות מידע בטכניון, בעל תואר שני בטכנולוגיות מידע מאוניברסיטה קלארק.
החל את עבודתו ברכבת ישראל בשנת 1986, ממקימי יחידת מחשוב ומערכות מידע ברכבת. בתפקידיו הקודמים שימש כמנהל סיסטם ותקשורת, ראש צוות מתכנתים ועד למנהל אגף מחשוב ומערכות מידע.
בתפקידו הנוכחי משמש כמנהל מידע ראשי. אגף מחשוב ומערכות מידע אחראי על תכנון, יישום ותחזוקה של תשתיות המידע ותקשורת הנתונים בארגון.