קטע תל אביב – ראש העין החל לפעול מחודש יוני 2000 וכולל את תחנות נוסעים בני ברק, ראש העין ותחנת פתח תקווה סגולה. תחנת הוד השרון (לשעבר נורדאו) נפתחה לתנועת נוסעים החל מאפריל 2003.
בשנת 2003 החלה הרכבת בסלילת הקטע מתחנת הוד השרון לתחנת כפר סבא (לשעבר סוקולוב) במרכז העיר. הפרויקט כלל הנחת מסילה חדשה בקו בודד, מתחנת הוד השרון לתחנת כפר סבא וכן הקמת תחנת נוסעים כפר סבא זאת במטרה להרחיב את השירות לתושבי העיר כפר סבא והסביבה.
עבודות התשתית בפרויקט בוצעו ע"י החברה הלאומית לדרכים בע"מ (מע"צ) במסגרת פיתוח תוואי 531.