במסגרת הפרויקט מקדמת רכבת ישראל ביצוע הפרדות מפלסיות ב-74 מפגשי כביש-מסילה, מתוכן 52 כפרויקטים עצמאיים ו-22 כחלק מפרויקטים אחרים בתוכנית הפיתוח.
ביצוע ההפרדות המפלסיות מתקדם בהתאם לתיעדוף שנקבע ע"י הטכניון, אשר חילק את מפגשי כביש-מסילה בארץ ל-3 קבוצות עדיפות. על פי החלטת ממשלה מתאריך 12/08/2007 מבוצעות תחילה הפרדות מפלסיות במפגשי כביש-מסילה בעדיפות 1.
מס' מפגש
מיקום המפגש
צפי לגמר ביצוע
הערות / הרחבה
12
כביש גישה לנווה-ים
16
כביש למעגן מיכאל, ביה"ס שדה אזורי
רבעון 2 / 2010
ההפרדה נפתחה
18 ג'
בנימינה דרום
19
פרדס חנה (כביש 651)
23
כפר ויתקין (כביש 5720)
רבעון 4 / 2009
27
כביש מא.ת. לכפר נטר (כביש 5611)
134
באר יעקב / רח' האיילה
רבעון 4 / 2010
144/145
144 - גישה לבית אריזה פרדס
ההפרדות נפתחו
145 - גישה למושב בית גמליאל
217
ממערב לחולדה (כביש 411)