לנסיעה ברכבת יתרונות סביבתיים ברורים הן מבחינת צמצום העומס בכבישים, זמן עמידה בפקקים וצמצום צריכת דלק והן מבחינת האפשרות לפיתוח יעדי התחבורה בצד שמירה על שטחים פתוחים.בשנת 2006 הוקמה ברכבת חטיבת בטיחות, בטחון, איכות וסביבה במסגרתה פועלת יחידה סביבתית המפתחת ומטפחת חשיבה סביבתית, מטמיעה עקרונות ניהול סביבתיים בתהליכי רכש, מכרזים ובפעילות השוטפת של זרועות הארגון ויחידותיו.